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七三一部队进行了细菌战，除大规模派出“远征队”外，还多次组织“阴谋破坏班”，散布细菌，危害中国人民。 企图破坏当班散发细菌的手段和方法多种多样，有的伪装后背上鸽子笼子，深夜潜入中国村庄，放出笼子里粘有感染鼠疫菌的老鼠，跳蚤爬上当地鼠类或人，不一会儿就爆发鼠疫把一些细菌放在试管里，扔到人们经常去的地方。把里面有细菌的食品送给中国孩子。 以下几种方法感染霍乱、伤寒、副伤寒效果最好。 1940年吉林省农安县发生的鼠疫，是由七三一部队的“阴谋破坏组”引起的。 这一年6月12日，农安城西曹家屯，来了54名鱼贩。 其中2人误入日军人为制造的疫区，被感染鼠疫菌的跳蚤咬后发病。 他们去县李魁芳诊所治疗无效，不久就死了。 与此同时，李魁芳和他家的保姆、弟弟的妻子，还有邻居也生病死了。 于是鼠疫开始在整个农安县流行起来。
7月12日，日伪从新京(长春)派遣防疫班，共计五六十人，其中日本人和朝鲜人各占一半。 第二天，全县开始大封锁，四门关闭，交通中断，工商业也关闭。 全县划有5个隔离区，还有十几个小隔离区。 在隔离区中，拦住了遍布的绳子和铁丝网，假警察拿着枪站岗，协和会日夜派遣巡逻。 防疫组在北关小学院内“孔庙”旁分别设立了轻、重隔离站； 在南门外的小学校设立了临时隔离所。 一旦发现疾病，无论什么病都要用汽车拉过来，隔离检查。 他们虽说能治好患者的病，但实际上只是测量体温、采血，让进入隔离所的人等死亡。 更残酷的是，对奄奄一息的患者进行活体解剖。 防疫组组织县城赵守刚、阎德礼、张俊九、邵殿举等10余名中医参观北关学校隔离所。 他们在试验室里看到水泥槽里有三尊解剖的门体。 据当时在隔离所做木工的李凌荣介绍，10月份入住隔离所的人最多。 目击到的有160多人。 这些人大多受灾，仅有几人死亡避难。
感染鼠疫的幸存者李凤莲的姐姐李凤英21岁，被送进隔离所重病室时正在哭喊，但很快停止了呼喊，吃饭的时候她的尸体被搬走了。 所以，当时，人们流传着“鬼子防疫班，一进门就不安，把人带上车，进了鬼门”的顺口溜。 防疫组以打瘟疫预防针为名，对隔离区的人进行了烈性毒药的试验。 到12月为止，瘟疫还在继续蔓延。 这时，七三一部队奉命出动离巢，带来了伪新京医大、哈尔滨医大的100多名实习生。 他们到达疫区后，害怕鼠疫的感染，住在火车卧铺包厢里，在车站以东200米处设立了消毒站。 每天进入疫区之前在这里换上服装和消毒。 他们在进行疫情调查后，烧毁了一些民房。 农安县此次鼠疫共发现鼠疫患者353人，其中死亡和被杀295人。 根据农安县检疫站的资料，354名鼠疫患者，其中298人被杀害。 1942年冬，七三一部队阴谋破坏班子，伪装成吉林省农安县城潜入，在人们不知不觉中喷洒带有鼠疫菌的跳蚤，鼠疫流行，造成大批人员死亡。 七三一部队假装防疫保护，烧掉了农安县城一千户人家的大半。 1942年9月中旬，七三一部队“远征队”返回上海后，给南京战俘营的俘虏吃了注射菌、烤了面包就是“阴谋破坏班”。 另外，为了对关押在这里的被俘的约500名美国军人进行食物细菌感染实验，召集了技师进行指挥。 日本把这些美国人当成了“人质”，所以没有让他们去死。
日本帝国主义侵略中国期间，各地不时发生鼠疫、伤寒、霍乱、痢疾等传染病，这几乎都与七三一部队和其他对口单位“特种部队”的阴谋破坏有关。 在七三一部队驻地的平房附近，相继发生了两次传染病。 第一次是1940年7月在新五屯发生的霍乱传染病。 目击者郑万春、张朝卿、于孔达、张作礼等人记得，当时仅几天就有30-40人死亡。 其理由是，新五屯前有一条沟，七三一部队就位于其中间。 七三一部队把栽培细菌用的水排放到沟里，有人看到日本人把瓶子里的溶液倒入沟里，这些染菌的污水流下来。 从正黄旗五屯被强制迁移到这里的居民，因为没钱打井，只能在沟里提水喝。 霍乱的病就是在这种情况下发生的。 霍乱发生后，身着防疫服的七三一部队人员又进村进行挨家挨户消毒，对患者进行检疫。 第二次是1944年8月在正黄旗四屯发生的鼠疫传染病。 据张廷亚回忆，一天下午2点多，母亲张商在院前的院子里做饭，突然晕倒。 把她抬到屋内炕上时，我发现她的四肢抽搐，嘴里吐着白沫，全身发紫，第二天一大早就病死了。 她的女儿、女婿从外屯来，看望她，结果感染发病，12小时后死了。 张廷亚3岁的儿子和邻居王普的孩子也发病身亡。 传染病发生后，日本人和假警察封锁了张廷亚的家，在大门口拦住了草绳，不让任何人出入。
这次瘟疫是怎么发生的呢？ 据张廷亚介绍，母亲发病前两天晚上，发现两人的影子在院外晃动，到外面一看，那两人已经走到北门外。 当时，这被认为是一个可疑的现象。 解放后，一位七三一部队队员说，他们换上便衣，背着篮子，晚上去过正黄旗四屯，在屯内放了一只感染病菌的黄鼠狼。 在日本帝国主义占领的东北地区，七三一部队和日军各“特殊部队”狼狈为奸。 如原兴安北省的蒙古族部落、三河地区及辽阳、本溪、新民、农安、长春、三岐河、哈尔滨、泰来、白城子、洮南、东丰、抚顺、双城、阿城、肇东、东1940年9月和1942年，长春的“不问三伪新京市公署根据日本关东军的命令，动员医疗力量进行防疫。 假长春卫生技术厂不仅出动了医生，还提供了鼠疫疫苗。 每次发生鼠疫，石井四郎都亲自出马。 七三一部队对这两次鼠疫的防治无效，使鼠疫进一步蔓延，死亡人数增加，但还是奏效了。 据参加防疫的长春卫生技术工厂的工作人员加地信证实：“当时石井指导的医疗人员因喷洒细菌的功绩得到了日军参谋本部的奖章。” 有一年，北安至黑河之间的建寺一带，马炭疽病流行。 日系医学教授卢田说：“这次发生的马炭疽病很严重，不到一段时间就死了几千匹马。 日本人谣言说当时是苏联撒的细菌，实际上是日军特殊部队所为。 ”。
1941年夏天，德都县发生了严重的“虎”疫(虎)疫即霍乱，俗称“虎里拉”)，被派往民生部委赴德都调查的加地信说：“七三一部队也参加了虎疫的调查。 他们使用实验室和优秀的各种器具，以防疫为名，实验了向德都地区喷洒细菌的效用。 ”1941年春，乌鸦浑河对岸七星泡村发生混合性疫情，人间流行脑膜炎，畜间出现鼻疽和牛瘟。 当时50多户村屯，不仅有30多人死于细菌感染，各家耕牛也多死。 这个村的镇长魏志清家饲养的牛有四五十头，只剩下五六头。 针对这次疫情，七三一部队第一六二支队出动，设岗封锁七星泡全屯，向周围撒下白灰。 他们打着防变救护的旗号，从事细菌研究工作。 对传染病患者只进行病情检查和检查，不进行治疗。 由于疫情没有根除，此后几年牛瘟连年出现，蔓延至古城镇一带。 除七三一部队外，日本帝国主义的其他“特殊部队”也在中国各地投放细菌，进行了细菌破坏活动。 他们为了破坏华北一带的抗甘根据地，1941年6月晋绥边区扫荡结束后，借撤退之机，向曲河县巡镇一带喷洒鼠疫菌，使多人流血、便血，造成短暂死亡。
据新华社报道，根据50年代的揭露，日寇在侵华期间，在晋冀鲁豫边区的新乡、滑县、县、晋绥边区的曲河、保德、兴县、岚山县等地喷洒鼠疫、伤寒等病菌，在新乡发现了日本飞机投放伤寒杆菌的装置。 1942年晋绥边疆卫生机关在曲河、保德一带发现性散在鼠疫患者，造成数十人死亡。 据统计，八年抗战中，边疆地区感染人数约1200万人。 七三一部队和日军其他特殊部队也进行细菌试验和使用细菌武器，在危害无辜中国人民的过程中，往往自作自受，自取灭亡。 无论是在实验室还是在野外实验场，七三一部队的队员总是受到细菌的威胁。 因此，他们知道总有一天会被细菌吞噬，或者战死。 石井四郎每次都对执行细菌实验任务的队员说：“现在又给自杀队添麻烦了。” 所以，他们对细菌的威胁可怕得要死。 就像一个队员说的，身体没有消毒水的气味，总是感觉不安全。 尽管如此。 短短几年内，七三一部队就有很多队员丧命。 除此之外，“诺门罕”战场上，七三一部队以碇常重少校为首的“敢死队”将鼠疫、伤寒、霍乱、痢疾等细菌传播到哈拉河及附近，数十人死于细菌感染，前线日军部队也爆发痢疾疫情
管中士说，表已上尉在安达的演习中使用鼠疫菌和坏疽菌感染死亡。 据加地信报道，1940年长春发生鼠疫后，参加“防疫”的渡边道、中达恒等人相继丧命。 三一部队是自作自受，也是自慰。 设有盛放死者遗骨的“安灵室”。 这也改变不了许多队员对这种罪恶活动的厌恶和恐惧心理。 日本侵略者向中国各地散布各种细菌，由于瘟疫的蔓延，也经常波及到附近的日军部队。 佳木斯、敦化的日本军团、流行的瘟疫都是在这种情况下发生的。 靠近林口县七星泡村的日军第二十五师团，由于七星泡村疫情的蔓延，在日本陆军医院引发了脑膜炎的传染病。
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